在日本买房的时候，除了房产本身的费用，你还需要缴纳不动产取得税、登记免许税、印花税、产权转移登记律师费、中介费等等。其中，不动产取得税是土地固定资产评估价格的3%加上建筑固定资产评估价格的4%，登记免许税是这两项的各2%，再加上负责产权转让登记的司法书士的报酬。
在持有期间，你每年需要缴纳的费用主要分为两类，一类是税务款项，有固定资产税和都市计划税；另一类是其他费用，包括物业管理费、修缮基金、火灾地震保险费等费用。固定资产税是日本的国税，一般是土地评估价格和房产评估价格的各1.4%，都市计划税是日本的地方税，一般是这两项的各0.3%。另外，一户建是不需要缴纳物业管理费的。如果你的房产出租是由中介托管的话，还需要缴纳一部分的中介费用。除此之外，在房租收益达到一定金额之后，也是需要缴纳个人所得税的。
一般来说，土地面积越大，房屋建筑面积越大，在购买和持有阶段要缴纳的税金也就会越高。